En pleine Semaine sainte, alors que les chrétiens étaient sur le point de commémorer la passion du Christ, Mgr Williamson affichait ses positions reflétant un antijudaïsme marqué. Sur son site, sa dernière chronique (datée du 4 avril) est consacrée à une méditation sur les souffrances du Crucifié.
« Le Christ a souffert en son âme en observant tous ceux qui ont contribué à sa Passion : Juif et païen, homme et femme (par exemple, la servante se moquant de Pierre), les chefs et le peuple, ami et ennemi. En particulier, selon Saint Thomas, le Christ a souffert en son âme d'être haï par son propre peuple, alors encore le peuple élu de Dieu, et pire que tout, d'être abandonné et trahi par ses propres apôtres. »
Ces affirmations ne manqueront pas de relancer la polémique. D'une part, elles véhiculent l'image du peuple déicide – image à l'origine des exactions jadis commises contre les Juifs au moment des fêtes pascales - et s'opposent clairement à la lecture issue de Vatican II de la Passion, comme le stipule la déclaration conciliaire Nostra Aetate de 1965 : « Même si les autorités juives, avec leurs partisans, ont poussé à la mort du Christ , ce qui s'est commis durant la Passion ne peut toutefois être imputé ni indistinctivement à tous les Juifs vivant d'alors, ni aux Juifs d'aujourd'hui. » D'autre part, Mgr Williamson nie que le peuple juif soit le peuple élu de Dieu, renouant avec la vieille théorie de la « substitution », selon laquelle l'Eglise a pris la place d'Israël comme peuple élu de Dieu, une vision explicitement rejetée par Jean Paul II puis Benoît XVI.